Lịch sử hình thành thị trấn Bình Minh gắn liền với quá trình khai hoang lấn biển của quân đội và nhân dân Việt Nam từ sau ngày giải phóng Ninh Bình vào ngày 30 tháng 6 năm 1954.

Nông trường Bình Minh ra đời năm 1957 trên cơ sở ban đầu ban đầu là nông trường của Quân đội. Thị trấn Nông trường Bình Minh khi thành lập có diện tích 689,38 ha, số lao động hiện có là 267. Nông trường có 4 đội sản xuất phân bố theo địa bàn sản xuất.[1]

Ngày 13 tháng 2 năm 1987, thị trấn Nông trường Bình Minh đổi tên thành thị trấn Bình Minh.

Hiện nay, Nông trường Bình Minh đã giải thể để chuyển đổi sang loại hình hoạt động mới là Công ty nông nghiệp Bình Minh với 100% vốn Nhà nước. Nhiệm vụ sản xuất của công ty là sản xuất 200ha cói, lúa, thủy sản.

Trong kháng chiến, 2 Chiếc máy bay Dakota C47 và máy bay C130 của Mỹ đến địa phận Ninh Bình đã bị bắn rơi xuống vùng đầm lầy gần nông trường Bình Minh, huyện Kim Sơn: 2 phi công bị chết, 8 phi công sống sót, trong đó phi cơ trưởng đã bị công an vũ trang đồn số 41 (nay là đồn biên phòng cửa khẩu Cảng Ninh Bình) và dân quân địa phương bắt.